Akrapovič hatte durch sein Engagement in der deutschen Pro-Superbike- und der WorldSBK-Meisterschaft, in der 1999 alle japanischen Werksmaschinen und ein italienisches Werksteam mit einer Abgasanlage von Akrapovič ausgestattet wurden, bereits einen festen Platz im Viertakt-Motorradsport. Dieses technische Know- how bot einen naheliegenden Einstieg in die MotoGP, als das FIM-Reglement Viertakt-Motoren in der Meisterschaft zuließ, was Akrapovič den Weg in die Königsklasse des Straßenrennsports ebnete.

Im Jahr 2002 lieferte Akrapovič zunächst Abgasanlagen an das Aprilia-Werksteam und später in der Saison an Kawasaki. In den darauffolgenden Jahren arbeitete das Unternehmen mit Suzuki, Yamaha, KTM, Ducati und anderen zusammen, was bis heute dazu geführt hat, dass 75 % des aktuellen regulären Starterfeldes Akrapovič-Abgasanlagen an ihren Prototyp-Rennmaschinen verwenden. Darunter finden sich die vier Werksteams Ducati Lenovo Team, Monster Energy Yamaha MotoGP, Red Bull KTM Factory Racing und Team Suzuki Ecstar.

Im Rahmen dieser Zusammenarbeit wird jede Abgasanlage in jedem Jahr neu entwickelt und angepasst. Im Laufe der Saison gibt es eine Reihe von größeren und bis zu 30 kleinere Überarbeitungen, die während der Saison durchgeführt werden. Jede Anlage wird in Kooperation mit den Werksrennteams von erfahrenen Ingenieuren unter der Leitung von Slavko Alojz Trstenjak, dem Leiter der Rennabteilung von Akrapovič, entwickelt. Mit über zwei Jahrzehnten Erfahrung mit verschiedenen MotoGP-Motoren, vom Aprilia-Dreizylinder über Kawasaki In-Line 4, KTM V4 und Honda V5 bis hin zu den heutigen Motoren, vertrauen Teams und Werke auf das Know-how von Akrapovič, um ihre Motorräder mit neuen Abgasanlagen-Lösungen zu optimieren.

Diese Partnerschaften brachten bereits einige Erfolge hervor, darunter Weltmeisterschaften für Jorge Lorenzo (Yamaha Factory Racing / Movistar Yamaha MotoGP) in den Jahren 2012 und 2015, Joan Mir (Team Suzuki Ecstar) im Jahr 2020 und Fabio Quartararo (Monster Energy Yamaha MotoGP) im Jahr 2021. Mit den Titeln in den Jahren 2012 und 2021 konnte das slowenische Unternehmen auch auf der Grand-Prix-Ebene glänzen, denn die mit Akrapovič ausgestatteten Motorräder gewannen die Titel in der MotoGP, Moto2 und Moto3.